Секвенаторы ДНК по Сэнгеру

Современный капиллярный секвенатор (капиллярный генетический анализатор, секвенатор 1 поколения, классический секвенатор) — автоматический прибор, позволяющий проводить секвенирование и фрагментный анализ нуклеиновых кислот по методу Сэнгера (см. ниже). Разделение фрагментов ДНК сейчас в автоматических капиллярных секвенаторах проводится путем капиллярного электрофореза, ранее это делалось в ручную в плоских гелях с использованием радиоактивной метки.

Читать полностью

См. также

ДНК-амплификаторы "в реальном времени"

ДНК-амплификаторы "классические"

Пиросеквенаторы

Секвенаторы ДНК 2-го поколения NGS

Секвенаторы ДНК 3-го поколения, нанопоровые

Секвенирование по Сэнгеру

Флуориметры детекторы ПЦР

Электрофорез капиллярный на чипе

Каталоги, статьи, видео

Генетический анализатор SeqStudio (руководство по применению), Thermo FS, брошюра, англ., 12 стр., 2019 г.

Фрагментный анализ методом капиллярного электрофореза, Thermo FS, брошюра, англ., 16 стр., 2019 г.

Секвенирование по Сэнгеру (справочник), Thermo FS, брошюра, англ., 227 стр., 2016 г.

Решения для секвенирования по Сэнгеру, Thermo FS, брошюра, англ., 8 стр., 2019 г.

Продукция для капиллярного электрофореза, Thermo FS, каталог, англ., 72 стр., 2012 г.

Генетический анализатор SeqStudio, Thermo FS, брошюра, англ., 8 стр., 2020 г.

Генетический анализатор SeqStudio, Thermo FS, брошюра, рус., 8 стр., 2018 г.

Генетический анализатор SeqStudio (спецификация), Thermo FS, листовка, англ., 2 стр., 2020 г.

Генетические анализаторы 3500(3500xl) спецификация, Thermo FS, брошюра, англ., 8 стр., 2015 г.

Генетические анализаторы 3500(3500xl), Thermo FS, брошюра, англ., 5 стр., 2015 г.

Серия генетических анализаторов 3500 для секвенирования и фрагментного анализа, Thermo FS

Удаление использованного блока капилляров из генетических анализаторов серии 3500, Thermo FS

Установка нового капиллярного блока в генетические анализаторы серии 3500, Thermo FS

Пока нет данных. Перейти в каталог

Фильтр

Сортировать:

Развернуть все Названия полностью

Thermo FS Генетический анализатор SeqStudio, 4 капилляра, ноутбук, два года гарантии, 1 день тренинга
A35645_компл
A35645_компл		По запросу По запросу
A35645вв		По запросу По запросу
4-капиллярный анализатор SeqStudio для секвенирования по Сэнгеру и фрагментного анализа. Количество капилляров в блоке — 4; длина капилляров, см — 28; формат — 96-луночные планшеты или 8-луночные стрипы; количество детектируемых мишеней — 6; два типа картриджей: 125 инъекций (500 образцов) и 250 инъекций (1000 образцов); универсальный полимер (POP-1) для секвенирования и фрагментного анализа; не требует спектральной калибровки при использовании наборов Applied Biosystems; встроенное ПО для управления SeqStudio Data Collection; подключение к ПК – не обязательно; мощность (без компьютера), Вт — 271; габариты, Ш × Г ×В, мм — 495 × 648 × 442; вес, кг — 45,4. Особенности: Универсальный — единый формат расходных материалов (универсальный картридж) и для секвенирования, и фрагментного анализа. Широкий спектр задач — весь спектр приложений капиллярного электрофореза в ваших руках. Компактный — секвенатор размером с амплификатор. Комплексный — компьютер и ПО встроены в прибор. Первичный анализ данных осуществляется в режиме реального времени. Надежный — проверенные временем технологии. Научные, медицинские, криминалистические лаборатории всего мира доверяют данным этих генетических анализаторов. Простой— запуск прибора занимает всего несколько минут. Все необходимое для работы прибора в одном картридже, который хранится непосредственно в приборе. Программное обеспечение: Sequencing Analysis Software — анализ, редактирование и интерпретация первичных результатов секвенирования. SeqScape Software — детекция и анализ мутаций, изучение и валидирование SNP, типирование патогенов, идентификация аллелей и подтверждение последовательностей на основании данных из библиотеки, ресеквенирование. Variant Reporter — выявление и анализ мутаций, обнаружение и оценка SNP и подтверждение последовательности. GeneMapper Software — для всех основных приложений фрагментного анализа (генотипирование, дискриминация аллелей, анализ однонуклеотидных полиморфизмов). Minor Variant Finder (обнаружение минорных мутаций (SNP). MicroSEQ ID — секвенирование и идентификация микроорганизмов (приобретается отдельно). Комплект поставки: генетический анализатор SeqStudio (с основным ПО), расширенная гарантия (2 года), обучение запуску, ноутбук с установленной программой управления и сбора данных и анализа, стартовый набор для запуска прибора (4-х капиллярный картридж, протектор, катодный буфер, необходимые расходные материалы). Дополнительно: однодневное обучение генетическому анализу. Первые впечатления пользователей нового капиллярного секвенатора SeqStudio (видео), англ. яз. Больше об устройстве нового картриджа для секвенатора SeqStudio (видео), англ. яз.

Thermo FS Генетический анализатор 3500, 8 капилляров, компьютер, два года гарантии, 1 день тренинга
A28976_компл	Регистрационное удостоверение на медицинское изделие Росздравнадзора	По запросу По запросу
Количество капилляров в блоке — 8; лазерный источник света; длина волны, нм — 505; количество детектируемых мишеней — 6; формат планшет — 96 или 384 лунки; производительность за запуск, п.н. – 3,2 - 8,0 × 10³; система контроля и оптимизации расхода полимера; кассеты с РОР полимером 3х типов (POP-4, POP-6, POP-7): на 96 образцов (12 инъекций); на 384 образца (60 инъекций); на 960 образов (120 инъекций); обязательное подключение к ПК; расходные материалы — контейнеры с анодным и катодным буферами, пакет с реагентом для промывки капилляров, сменный блок с капиллярами, пакет с POP-полимером; индикатор расхода реагентов с функцией календаря и уведомлением о необходимости замены; мощность (без компьютера), Вт — 271; габариты, Ш × Г × В, мм — 610 × 610 × 720; вес, кг — 82. Комплект поставки:генетический анализатор 3500 (с основным ПО для секвенирования и фрагментного анализа), расширенная гарантия (2 года), обучение запуску, управляющий компьютер с установленной программой Data Collection (управление и сбор данных, первичный анализ), кассета для загрузки планшет, инсталляционный комплект для секвенирования и фрагментного анализа. Программное обеспечение: Sequencing Analysis Software — анализ, редактирование и интерпретация первичных результатов секвенирования. SeqScape Software — детекция и анализ мутаций, изучение и валидирование SNP, типирование патогенов, идентификация аллелей и подтверждение последовательностей на основании данных из библиотеки, ресеквенирование. Variant Reporter — выявление и анализ мутаций, обнаружение и оценка SNP и подтверждение последовательности. GeneMapper Software — для всех основных приложений фрагментного анализа (генотипирование, дискриминация аллелей, анализ однонуклеотидных полиморфизмов). Minor Variant Finder (обнаружение минорных мутаций (SNP). MicroSEQ ID — секвенирование и идентификация микроорганизмов (приобретается отдельно).

Thermo FS Генетический анализатор 3500xl, 24 капилляра, компьютер, два года гарантии, 1 день тренинга
A28978_компл	Регистрационное удостоверение на медицинское изделие Росздравнадзора	По запросу По запросу
Количество капилляров в блоке — 24; лазерный источник света; длина волны, нм — 505; количество детектируемых мишеней — 6; формат планшет — 96 или 384 лунки; производительность за запуск, п.н. — 9,6 - 24,0 × 10³; система контроля и оптимизации расхода полимера; пакеты с РОР-полимером 3х типов (POP-4, POP-6, POP-7): на 96 образцов (5 инъекций); на 384 образца (20 инъекций); на 960 образов (50 инъекций); обязательное подключение к ПК; расходные материалы — контейнеры с анодным и катодным буферами, пакет с реагентом для промывки капилляров, сменный блок с капиллярами, пакет с POP-полимером; индикатор расхода реагентов с функцией календаря и уведомлением о необходимости замены; мощность (без компьютера), Вт — 271; габариты, Ш × Г × В, мм — 610 × 610 × 720; вес, кг — 82. Комплект поставки:генетический анализатор 3500 (с основным ПО для секвенирования и фрагментного анализа), расширенная гарантия (2 года), обучение запуску, управляющий компьютер с установленной программой Data Collection (управление и сбор данных, первичный анализ), кассета для загрузки планшет, инсталляционный комплект для секвенирования и фрагментного анализа. Программное обеспечение: Sequencing Analysis Software — анализ, редактирование и интерпретация первичных результатов секвенирования. SeqScape Software — детекция и анализ мутаций, изучение и валидирование SNP, типирование патогенов, идентификация аллелей и подтверждение последовательностей на основании данных из библиотеки, ресеквенирование. Variant Reporter — выявление и анализ мутаций, обнаружение и оценка SNP и подтверждение последовательности. GeneMapper Software — для всех основных приложений фрагментного анализа (генотипирование, дискриминация аллелей, анализ однонуклеотидных полиморфизмов). Minor Variant Finder (обнаружение минорных мутаций (SNP). MicroSEQ ID — секвенирование и идентификация микроорганизмов (приобретается отдельно).

Thermo FS Генетический анализатор 3730xl, 48 или 96 капилляров, компьютер, два года гарантии, 1 день тренинга
A41046_компл		По запросу По запросу
Высокопроизводительная система капиллярного электрофореза. Количество капилляров в блоке — 48 или 96; улучшенный лазер с охлаждением; блок детекции — утонченная с обратной стороны ССD-камера, обеспечивает низкий шум и полный сбор данных от всех капилляров одновременно; количество детектируемых мишеней — 6; формат планшет — 96 или 384 лунки; производительность за запуск, п.н. — 38,4 - 96,0 × 10³; система контроля и оптимизации расхода полимера; совместимые типы полимера — POP-7, POP CAP; автоматическая замена геля; автоматическая работа 48 часов без оператора; автозагрузчик планшет; встроенный считыватель штрих-кодов; обязательное подключение к ПК; индикатор расхода реагентов с функцией календаря и уведомлением о необходимости замены; габариты, Ш × Г × В, мм — 1000 × 650 × 930; вес, кг — 130. Комплект поставки: генетический анализатор 3730xl (с основным ПО для секвенирования и фрагментного анализа), гарантия (2 года), обучение запуску, управляющий компьютер с установленной программой Data Collection (управление и сбор данных, первичный анализ), капиллярный блок на 96 капилляров, кассета для загрузки планшет, инсталляционный комплект для секвенирования и фрагментного анализа. Программное обеспечение: Sequencing Analysis Software — анализ, редактирование и интерпретация первичных результатов секвенирования. SeqScape Software — детекция и анализ мутаций, изучение и валидирование SNP, типирование патогенов, идентификация аллелей и подтверждение последовательностей на основании данных из библиотеки, ресеквенирование. Variant Reporter — выявление и анализ мутаций, обнаружение и оценка SNP и подтверждение последовательности. GeneMapper Software — для всех основных приложений фрагментного анализа (генотипирование, дискриминация аллелей, анализ однонуклеотидных полиморфизмов). Minor Variant Finder (обнаружение минорных мутаций (SNP). MicroSEQ ID — секвенирование и идентификация микроорганизмов (приобретается отдельно).


Современный капиллярный секвенатор (капиллярный генетический анализатор, секвенатор 1 поколения, классический секвенатор) — автоматический прибор, позволяющий проводить секвенирование и фрагментный анализ нуклеиновых кислот по методу Сэнгера (см. ниже). Разделение фрагментов ДНК сейчас в автоматических капиллярных секвенаторах проводится путем капиллярного электрофореза, ранее это делалось в ручную в плоских гелях с использованием радиоактивной метки. В капиллярном секвенаторе для анализа используется гомогенная проба (очищенный раствор молекул НК, полученных из одного источника, одинаковой структуры и практически одинаковой длины). Обычно до начала секвенирования производят амплификацию участков ДНК, последовательность которых требуется определить. В результате получается гомогенная проба одинаковых ДНК-фрагментов. Негомогенность исходной пробы, или ошибки в ходе ПЦР-реакции могут привести к тому, что не удастся однозначно определить генетическую структуру молекулы нуклеиновой кислоты. В отличие от капиллярных секвенаторов в NGS–секвенаторах возможно секвенирование негомогенных проб ("библиотека" молекул НК, которые могут отличаться по длине, по структуре и могут быть получены из различных источников).	Устройство капиллярного секвенатора
Секвенирование ДНК по Сэнгеру — «золотой стандарт» секвенирования, это самый точный метод определения последовательности ДНК на сегодняшний день, который использует относительно дешевые расходные материалы при небольшом потоке образцов. Принцип метода — встраивание терминирующих нуклеотидов (модифицированные трифосфаты, обладающие в 3'-положении водородом вместо гидроксильной группы, поэтому при их включении в ДНК происходит прекращение синтеза цепи) в синтезируемую цепь ДНК. В реакционной смеси находятся ДНК-матрица, праймер, ДНК-полимераза и смесь дезоксинуклеотидтрифосфатов и их модифицированных аналогов — дидезоксинуклеотидтрифосфатов. В современной версии секвенирования ДНК по Сэнгеру каждый терминирующий трифосфат (ddATP, ddGTP, ddTTP и ddCTP) помечен соответствующим флуоресцентным красителем. Поэтому фрагменты ДНК светятся разным цветом — в зависимости от того, какой терминирующий трифосфат встроился в цепь. Реакцию проводят циклически (аналогично ПЦР), многократно повторяя синтез новых одноцепочечных фрагментов. Так как ddNTP составляют около 5% от dNTP, в конце такой (линейной) амплификации после 40-50 циклов получается набор одиночных цепей ДНК, отличающихся по длине на 1 нуклеотид и всегда заканчивающихся меченым нуклеотидом. Разделение фрагментов по длине происходит с помощью капиллярного электрофореза, визуализация результата представляет собой электрофореграмму с цветными пиками. В настоящее время длина секвенируемых таким способом фрагментов достигает 1000 пар нуклеотидов. Области применения капиллярных секвенаторов: секвенирование геномов de novo, SNP-типирование (онкология, сельскохозяйственная геномика) подтверждение данных NGS-секвенирования, секвенирование микроорганизмов, секвенирование митохондриальной ДНК (анализ родства).
Фрагментный анализ ДНК — разделение флуоресцентно меченых фрагментов ДНК с целью определения их «относительного» размера — широко применяемый метод исследования ДНК. Метод основан на электрофоретическом разделении фрагментов ДНК, но при этом определяется «относительная» длина каждого фрагмента в парах нуклеотидов. Это достигается тем, что один из праймеров, участвующих в ПЦР перед стадией электрофореза несет на себе флуоресцентную метку, которой метятся фрагменты определенной длины. Затем проводят электрофорез в присутствии фрагментов ДНК известной длины (размерный стандарт) и устанавливают длины исследуемых фрагментов ДНК. Фрагментный анализ возможно проводить и с помощью других методов электрофореза (горизонтальный электрофорез с последующей трансиллюминацией, электрофорез капиллярный на чипе), однако использование для фрагментного анализа капиллярных секвенаторов позволяет определять длины фрагментов с точностью до 0,5 нуклеотида, что весьма важно для STR- и SNP-генотипирования. Измерение длины фрагментов, разгоняемых по полимеру, относительное, производится на основании калибровочной прямой в ходе разгона размерного стандарта и, соответственно, относительные длины вычисляются вплоть до сотых долей нуклеотида Чем выше разрешающая способность, тем легче и точнее различаются между собой фрагменты с разницей в 1 нуклеотид. Кроме того, при амплификации (например, в результате неполного аденилирования) возникает множество артефактов с длиной как раз отличающейся на 1 нуклеотид от истинного аллеля, но с низкой RFU, и повышение разрешающей способности становится важным. На горизонтальном электрофорезе такие фрагменты различить сложно и это часто приводило к ошибкам раньше. Области применения фрагментного анализа: анализ STR маркеров человека (идентификация личности, анализ родства, наследственные заболевания, идентификация клеточных линий и многое другое), генотипирование животных (паспортизация и идентификация), генотипирование растений (виноград, картофель, свекла и другие культуры), SNP генотипирование.	Принцип секвенирования по Сэнгеру
Главный критерий выбора капиллярного секвенатора — количество капилляров (от 4 до 96) и в зависимости от этого производительность по количеству исследованных образцов в день. Для лаборатории с невысокой производительностью оптимально подойдет секвенатор с 4 капиллярами (до 128 образцов в день) SeqStudio, который к тому же имеет картридж со встроенной помпой и реагентами, что позволяет свести обслуживание прибора к минимуму. Для большинства лабораторий стандартной производительности оптимальным решением будет 8-капиллярный (до 256 образцов в день) секвенатор. В случае высокой производительности лаборатории необходим в секвенатор с 24, 48 или даже 96 капиллярами. Наличие Регистрационного удостоверения РосЗдравНадзора уточняйте у специалистов Стар-лаб.	Типичная электрофореграмма фрагментного анализа